注冊外資公司與注冊內資公司的區別主要有以下幾點：
1. 在稅率的設立上，外資企業和內資企業是沒有任何區別的，主要的區別在于外資的企業享有所得稅的優惠，通常是兩免三減半，即外資的企業從盈利年度開始計算，前兩年免征企業所得稅，后三年減半征收企業所得稅，而內資的企業是不能享受上述的優惠，所以造成了外資企業的稅收過于優惠。
2. 外商的投資企業和外國企業所得稅稅率為30％、24％、15％三檔，加上地方所得稅稅率3％，與內資的企業所得稅稅率基本相同，只是在征稅的對象選擇方面有所區別。 內資企業所得稅實行33％的比例稅率，考慮到大部分的利潤水平較低的小型企業的利益，稅法又規定了兩檔照顧性的稅率，即對年應納稅所得額在10萬元（含10萬元）以下至的3萬元的企業，暫減按27％的稅率征收所得稅；對年應納稅所得額在3萬元（含3萬元）以下的企業，暫減按18％的稅率征收所得稅。
3. 現行內資的企業和外資企業所得稅稅率均為33%。同時，對一些特殊的區域外資的企業實行24%、15%的優惠稅率，對內資微利的企業分別實行27%、18%的二檔的照顧稅率等等，稅率檔次多，使不同的類型企業名義稅率和實際稅負差距較大。
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